โครงสร้างสำนักจเร กอ.รมน. แบ่งเป็น 3 ส่วนงาน ดังนี้
1. ส่วนบังคับบัญชา
2. ส่วนงานตรวจและประเมินผล มีหน้าที่
♦ ตรวจและประเมินผลการปฏิบัติราชการตามภารกิจ ขอบเขต ความรับผิดชอบหน้าที่ที่สำคัญ ตลอดจนกิจการอื่น ๆ ที่ผู้บังคับบัญชาสั่งการของส่วนราชการใน กอ.รมน.
♦ ดำเนินการให้คำแนะนำ เสนอแนะการปฏิบัติราชการของส่วนราชการใน กอ.รมน. ให้เป็นไปตามกฎ ระเบียบ ข้อบังคับ คำสั่ง
♦ จัดทำรายงานและข้อเสนอแนะการปรับปรุงแก้ไขการปฏิบัติราชการ ให้เป็นไปตามระเบียบแบบแผนของทางราชการ
♦ ร่วมปฏิบัติงานและสนับสนุนการปฏิบัติของส่วนงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือตามที่ได้รับมอบหมาย
3. ส่วนงานสืบสวนสอบสวน มีหน้าที่
♦ ดำเนินการสืบสวน สอบสวน เรื่องราวร้องทุกข์ ร้องเรียน และเรื่องที่ผู้บังคับบัญชามอบหมาย
♦ ดำเนินการรายงานผลการสืบสวนเกี่ยวกับข้อเท็จจริง หลักฐาน พร้อมทั้งเสนอข้อคิดเห็นให้ผู้บังคับบัญชาทราบ และพิจารณาสั่งการต่อไป
♦ ร่วมปฏิบัติงานและสนับสนุนการปฏิบัติของส่วนงานอื่นที่เกี่ยวข้องตามที่ได้รับมอบหมาย